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黨政人士分析，亞太向來主責兩岸事務，相關人事安排自會考量與對岸互動條件。日前雖傳執行長將由前民進黨中國事務部主任顏建發接任亞太執行長，但據知顏立場偏獨，形象較不符合，因此改由中山大學教授、前民主基金會執行長林文程出任執行長，而副執行長由現任的唐開太續任。

日前林文程出席南海議題座談會，也透露自己既是大學教授，也是非政府組織顧問，長期研究中國外交政策與兩岸關係，不時到大陸做學術交流。

在亞太董事部分，據悉蔡政府為向對岸展現面對兩岸事物的積極與善意，一改過去僅由外交官方代表與學者出任的董事名單，安排黨內熟知兩岸事務大老級人物與各部會副首長出任，董事除許信良、林文程等人外，名單還包括國安會前副秘書長陳忠信、總統府秘書長林碧炤辦公室主任王思維、陸委會副主委邱垂正、文化部次長楊子葆、國發會副主委龔明鑫、教育部次長陳良基、農委會副主委陳吉仲、前民進黨中國事務部主任董立文等人。

遠景基金會向來主司外交政策與國際情勢分析，高層安排曾任外長的陳唐山坐鎮，正副執行長與董事則主要由黨內中生代重要國際學者擔綱，未來除持續扮演對美日等國交流管道外，這回也安排如專攻東南亞與印度等地的學者專家；董事名單包括台灣智庫副執行長賴怡忠、新台灣國策智庫副執行長林廷輝等人，賴、林分別兼任正副執行長。

馬政府時代擔任兩會董座的趙春山，一直是在兩岸事務上扮演重要幕後推手，亦是促成馬習會的關鍵人物；雖然趙不在兩大基金會的官方名單之中，但據知新政府仍欲借重他在對岸深厚人脈，象徵新政府「維持現狀」誠意，擬聘為顧問，盼他能繼續發揮影響力。